Kerangka kelembagaan Penyelenggaraan Dewan Nasional KEK bertanggungjawab kepada Presiden Republik Indonesia. Dalam rangka membantu pelaksanaan tugas fungsi Dewan Nasional dibentuk Sekretariat Dewan Nasional KEK dan Tim Pelaksana Dewan Nasional Kawasan Ekonomi Khusus.
Dewan Nasional Kawasan Ekonomi Khusus melalui Keputusan Presiden Nomor 8 Tahun 2010, diketuai oleh Menteri Koordinator Bidang Perekonomian, dan beranggotakan Menteri Keuangan, Menteri Bappenas, Menteri Perdagangan, Menteri Perindustrian, Menteri Dalam Negeri, Menteri Perhubungan, Menteri PUPR, Menteri Ketenagakerjaan, dan Kepala BKPM.
Ditingkat provinsi, pada provinsi yang terdapat KEK di dalamnya dibentuk Dewan Kawasan KEK. Untuk mendukung Dewan Kawasan Provinsi dibentuk Sekretariat Dewan Kawasan KEK Provinsi. Ditingkat kabupaten/di tingkat kawasan dibentuk Administrator KEK, yang fungsinya sebagai PTSP di kawasan.